Buenas!
Después de mucho buscar y buscar al fin he encontrado la solución BUENA a este problema y su explicación, y como veo que este hilo lleva un tiempecito dándole vueltas al tema, os dejo mis hallazgos.
Mención de que en mi caso tengo un Galaxy S3 4.3, pero es muy probable que suceda en diferentes modelos y marcas...
No es la app de cámara, la app de galería, ni el picassa quien crea las miniaturas, sino un SERVICIO de Android. Todas esas apps usan el servicio cuando necesitan mostrar miniaturas o previsualizaciones de imágenes.
El servicio es el com.android.providers.media que dentro de la partición de sistema dispone de unas bases de datos donde indexa las fotos que las apps van encontrándose (Repito, tanto la cámara, galería, picassa apps de terceros, da igual) y son estas bases de datos las que crean el .thumbnail3--xxxxxxxxx con el tamaño en previsión a según el tamaño del índice.
¿El fallo? que la base de datos no se purga bien de las imágenes que borramos o movemos de sitio, y el índice crece. Puedes tener 50 imágenes, que si se da el fallo mientras las mueves de la memoria interna a la SD externa, pueden generar el índice de 100 imágenes (Las que ya no están, y las que están en la nueva ubicación). Ojo, puede darse el fallo, no digo, ni puedo asegurar, que pase siempre, casi siempre, a veces, o raramente... pero si pasa lo suficiente como para que engorde el dichoso índice...
Bien, explicado el tocho del porque del misterio de la regeneración del fichero de marras, ahora a por la SOLUCCION:
-Tener privilegios ROOT
-Abrir tu explorador de ficheros con modo ROOT favorito
-Borrar /data/data/com.android.providers.media/databases/external.db
-Borrar el DCIM/.thumbnail
Y a ver de que tamaño se regenera ;)
PD: La solución de crear un fichero en lugar de la carpeta .thumbnail puede ser útil para los que no les gusta el manejar un ROOT, pero tendréis el servicio de fondo intentando hacer su trabajo cada poco tiempo, eso es gasto de CPC y consumo de batería extra, aunque no sea muy apreciable, pero son los pros y contras de cada solución
