El toolkit es una herramienta (programa) de windows que te permite flashear, rotear, abrir el bootloader, instalar roms, etc... Todo lo que se te ocurra con tan solo un click de ratón.
Lo único que tienes que hacer es instalarlo y seguir los pasos (hay una guia visual paso por paso) para instalar los drivers del Galaxy Nexus en el Pc.
Puedes descargarlo de este enlace:
Toolkit GNexus
Es el que he usado siempre y no me ha dado ningun problema, y ahora uso la versión para el Oneplus.
1- Instalar los driver correctamente
2- Salvar el contenido de la SD (fotos, vídeos, archivos importantes) al Pc... si se puede
3- Abrir el bootloader e instalar la ultima rom stock
4- Recovery y rotear la rom stock instalada
5- Elegir los archivos a flashear desde el Pc (rom, gaps, kernel, etc...)
6- Restaurar los datos salvados en el paso 2, si pudiste crearlos...
7- Y creo que ya está... te estoy hablando de memoria desde el curro, seguro que si he metido la gamba en algún paso los compañeros me corregirán
Hay guías y tutoriales en el enlace del toolkit, pero si tienes mas dudas pregunta aquí
suerte!