Pues si, tienes razón.
Ah, ya he encontrado el fallo. Cuando se desinstala Whatsapp y se vuelve a instalar pero desde una apk beta de la web, nos vamos en el teléfono a "ajustes" --> "aplicaciones" --> "Whatsapp" y la casilla de mostrar notificaciones siempre se queda desmarcada al instalar de esta forma. Y por esa razón no aparece ninguna notificación ni mensaje de Whatsapp hasta que se vuelve a activar.