Olvidar los stock kernel, no nos valen. Lo recomendable y más cómodo es un kernel con CWM.
No hay problemas en añadir apps, he añadido tanto en /data/app como en system /app y /framework, borrando o añadiendo de todo sobre una base JPU y cero problemas. Solo he tenido problemas al borrar apps de system en mi afán por hacerlo lo más lite posible y al final eran esenciales para que inicie touchwiz. Asegúrate de no sustituir una aplicación deodexizada sobre una odexizada sin borrar su correspondiente .odex si existe, como el Gallery3d.apk o el TouchWiz30Launcher,apk modificados que rondan por ahí.
**Resubido nuevamente al segundo post el script para hacer backup de EFS en cada flasheo. Por error de sintaxis no hacía bien el .tar
. Espero que ya funcione sin problemas.
**He modificado el update-script para hacerlo más sencillo y visible, he quitado algunas líneas que sobraban y eliminado la necesidad del script "wipe" para borrar la dalvik-cache ya que no tenía sentido antes de un format DATA:
Si a alguien le interesa, este es el update-script personalizado que estoy utilizando con mi rom:
http://www.multiupload.com/BD6JY92SL4