Siento el retraso, pero hoy tuve un problema y apenas puedo moverme, estoy con un hombro inmóvil.
Bueno a lo que íbamos, es normal que tras instalar el kernel Philz 6.48.6 no puedas iniciar con la Rom Stock, ya que ese kernel es incompatible con las Stock, solo sirve para las Rom's Kit-Kat.
Lo del cambio de kernel en la Rom es normal, toda Rom incluye su propio kernel, que usa como base para montar toda la Rom de manera que funcione, ya que al instalar una Rom se sobreescribe el kernel anterior durante ella.
aclararte que algunas Rom's se pueden instalar el kernel Philz que tenías, por si lo quieres usar, lo que pasa es que no es tan fácil saber cuales son las compatibles, ya que no suelen decir nada más que las basadas en Cyanogen, u AOKP. Lo bueno de si usas la Cyanogen es que esos kernel's solo deberás revisar si lo han usado recientemente sin problemas otros usuarios.