La respuesta es si, puede seguir funcionando pero a medias, simplemente porque solo se te fastidie una patilla es suficiente.

Aunque viendo la descripcion de tu problema, dices que empezó desde cm11 el problema, yo flashearia otra vez la stock y la dejaria lo mas limpia que puedas. Osea, hazle todos los wipes, y mete por odin la stock de 3 archivos... ya que puede que tengas algun residuo aun de la cm11 que te de problemas.

Una vez que el movil esté limpio, vuelves a probar el USB y si sigue fallando ya valoras si está roto de verdad.

De todas formas el usb no es caro y es facil de cambiar.