A grandes rasgos, el IMEI de tu terminal esta en una carpeta de forma codificada, cuando haces cambios (ROM, sobre todo) corres el riesgo que esa carpeta desaparezca por lo que el terminal al iniciarse de nuevo, va a volver a crear la carpeta pero con un IME generico. Si tu IMEI comienza por 0049 es uno generico, y las consecuencias son que algunas compañías no te permiten utilizar tu terminal si posee un IMEI generico y que no puedes llamar al número de emergencias 112.
Haciendo una copia de seguridad de esa carpeta lo que te aseguras es que en caso de que pierdas la carpeta del IMEI de tu terminal puedes volver a restaurarla y recuperar tu IMEI. De ahi su importancia.
Espero que este más o menos claro.