Chorch he visto en una rom de XDA basada también en la OTA que ha solucionado el error de los mensajes que no llegan o llegan tarde.
El post de la ROM por si te interesa es este:
http://forum.xda-developers.com/showthread.php?t=814142
La verdad es que me pasé de tu ROM a esta por ese problema y no he vuelto a perder ni un mensaje y con todas las otras ROM basadas en la OTA que he probado me daban el mismo problema. Si ese problema queda solucionado creo que tu ROM sería la mejor basada en la OTA de las que he probado.
Gracias por tu trabajo. Sigue así.
