Ahí mismo diste las características del problema de la batería, cuando pasas por Flashtool debe funcionar si o si, y al flashear por flashtool también ya flashea el kernel del firmware.
Te doy un ejemplo, yo estoy en Cyanogenmod con el Kernel de Cyanogenmod, si instaló algo que me da bootloop, paso por flashtool e instalo un firmware de Sony ¿Pero sigue el Kernel de Cyanogenmod? NO, al flashear el firmware también flashea el KERNEL de Sony.
Y el problema de la batería muchos tienen que prende un rato y despues se apaga, otros sólo enchufado y otros que prende un segundo y después se apaga.