Buenas, a mi me pasaba lo mismo, por problemas de backup tuve que regresar a la stock y me pasó como tu, creía que aumentaría la duración y no, por lo que presentí que sería un problema de hardware y efectivamente lo fue, compré otra batería de la forma más barata posible y ahora rinde como el primer día, tanto en la stock como en cualquier custom.
PD: También se me calentaba muchísimo cuando jugaba a un juego o exprimía algo más de lo habitual la memoria RAM mientras se cargaba, incluso hasta a veces el solo se me apagaba por que detectaba altas temperaturas. Con la nueva batería también se me ha solucionado.