[dnfuentes]

 Cita: Originalmente Escrito por tolehitor

Tengo un s3 con 4.3 libre stock, no soy root.
Tengo instalada la app SDMAID, entiendo que me limpia esos directorios, no?

Si, siendo root, te los limpia.

 Cita: Originalmente Escrito por TheCrack96

Pero haciendo wipe date se borran las apps, es decir, me imagino que se formatea esa partición de 2 gb, yo creo que haciendo wipe data se soluciona.

No, justamente los logs no los borra, por eso hay que hacerlo manualmente. De hecho, hay a algunos, que ni se los borra flasheando una stock de varios archivos como la ms3.