A mi me ha pasado varias veces y es una jodienda, es como si se desconfigurara y se borran la mayoria de las aplicaciones, en mi caso no todas. No se aun por que sucede.
Lo mejor seria recuperar un nandroid back pero supongo que no tienes ninguno, yo despues de mis experiencias hago uno cada poco.
Sino tienes, me temo que has perdido todo.
Lo que sucede es que las apks de las aplicaciones aun estan en system/data por eso no te deja volver a instalarlas. Debes entrar en esa carpeta con permisos root y borrar los ficheros de las aplicaciones que se han desinstalado, asi podras volver a instalarlas.
Espero que te sirva.