Snako lo ha explicado muy bien aunque bastante tecnicamente, jejejeje, en palabras mas sencillas:
- Flashear meterle un firmware en la memoria, para que te hagas una idea como instalar windows en el ordenata.
- Rootear significa instalar una serie de comandos (por medio de un programa) para que el sistema te deje acceder como root (administrador) y así poder modificar o borrar archivos del sistema y mas cosillas.
Son cosas independientes, al flashear lo que sueles hacerle es meter un firmware libre quitando lo que suelen meter las operadoras, o tambien actualizar a una nueva version, por lo que puedes tener un movil flasheado pero no rooteado o al reves, al ser cosas diferentes.