OK, ya que tienes un backup de tus archivos originales realiza lo siguiente:
1. Restaura la copia que te pasaron con Freegee.
2. Reemplaza el dev\block\platform\msm_sdcc.1\by-name\m9kefs2 que ahora tienes en tu equipo con el m9kefs2 que está en tu copia de seguridad. Para esto usas un administrador de archivos con soporte root y le das los permisos rwx rwx rwx. Supongo que el backup de tu EFS no lo hiciste con Freegee sino con un administrador de archivos con soporte root.
3. Reinicia el equipo.
En ese orden por favor, de esa manera, en base a la información de XDA-Developers, deberías tener restaurada la cobertura y mantener tu IMEI.
Nos cuentas cómo te va.