Da lo mismo que lo tengas activado o desactivado, ya que el arranque en "Download mode", es previo al arranque normal del propio teléfono. Es decir, cuando lo ponemos en download mode, ni siquiera está arrancado realmente el terminal, ni visualizamos el escritorio, ni creo que haya cargado las configuraciones de conexión USB. De hecho, el puerto COM que aparece en el Odin si lo conectas en download mode o con el teléfono arrancado normalmente (cosa que es inútil porque no sirve para nada, ésto último), son distintos.
No sé si te he aclarado la duda. Sé que con el ADB se puede entrar en "recovery mode", pero sólo puedes flashear desde ahí, con update.zip, a algunas roms modificadas y necesitas tener instaladas las "oficiales" antes. Creo que desde ADB no se puede entrar en download mode (creo, que alguien me corrija, si me he columpiado).
Un saludo.
