Por orden no pasa nada, son iguales, pero diferentes interfacs, pero para el caso de Cyanogenmod yo pondria los recoverys CWM de Chainfire, ya que los recomienda Cyanogen.
Yo no me fio de ningun tipo de programa (moto tool, ni nada) ya que instalan Boot.img que dentro va el Kernel, haciendo errores gravisimos para el sistema. Yo siempre he preferido hacer las cosas por mi mismo y no automatizarlas. Mas que nada, porque siempre que hay un error, sabes de donde sale.
Para volver al recovery stock tienes que ir a Ajustes - Info del telefono - Version de Firmware. Ejemplo si termina esa informacion en En.EU, vas a esta pagina (
LINK) y descargas el firmware que sea como el tuyo (fijate en la version que descargas, ya que hay 4.3 y 4.4) y al descargarla, lo descomprimes y sacas el Recovery.img y lo instalas de la misma manera que este tutorial