Si, ya lo solucioné. Mire por internet y encontré otros casos, extraños, pero se solucionana así:
Una vez echos os formats y wipes necesarios, no instales la ROM, reinicia el recovery de nuevo y una vez reiniciado, instala la ROM.
Lo hice así y ese problema lo he solucionado, pero ahora sigo con el problema del super user. No me encontraba el binario, así que lo bajé y lo instalé manualmente desde el recovery. Ahora el SuperUser si reconoce el bin, y me pone como que estoy rooteado, pero el S2E sigue dándome el mismo error. En estos sabéis algo?