Puede que sea una tontería, pero ¿estás logueado como root? A mi me ocurrió una vez algo así y fue por eso. Si no, prueba a reiniciar el daemon de adb. Yo lo tengo todo corriendo en Ubuntu 10.04 y no he tenido problemas. Un saludo y ánimo, a ver si lo consigues!
P.D.: una vez que tengas todo compilado, y suponiendo que sigas el método del update.zip para instalar la rom en el teléfono, ¿qué firma vas a usar para firmar el archivo? Yo he intentado de todo, incluso compilando un 1.6 medio Apanda, medio Boston, pero no he conseguido que ningún recovery se digne a instalarme el zip, dándome error de firma. No sé si es cosa de mi firm, que es el de Apanda, o ocurrirá en todos los de este teléfono, pero la firma no parece ser la misma que para un Android cualquiera... y puede que sea una perogrullada y tenga fácil solución, pero mi nivel para esto no es tan bueno como desearía...