La manera mas segura viniendo de un kernel para ROM stock como es el Philz es flasheando primero el kernel CM para tener la base sin problemas, pero si es un kernel Philz de los últimos no debería dar problemas al flashear la ROM directamente, pero no lo he probado así que no lo puedo asegurar y por eso recomiendo lo otro.
Después de flashear el kernel hay que reiniciar el recovery para instalar la ROM con el recovery de CM. Para reiniciar el recovery, después de flashear el kernel, en las opciones de recovery entras en advanced y buscas la opción reboot recovery. En el Philz creo que se encuentra dentro de la opción Power Options o algo así del recovery.