Pues si eres root, haz un wipe mas fuerte. Aunque tengas que meter algunos datos.
Parece que el problema lo debes de tener en system. Yo restablecería la Rom de cero.
Estos problemas se pueden dar cuando uno pasa de una Rom a otra con version diferente de Android, pero no se borran los datos en la carpeta android de la SD. O se restablecen aplicaciones con un backup de estas en otra version de android.
Y si persiste, metiendo todos los datos de nuevo...algo raro pasa en los servidores de por allí. Me temo..
Un saludo.