No se si richi pondrá el método que le comente, por si alguien el interesa que busque por el foro de homero.
Teniendo en cuenta coasas que dicen en dicho foro he probado una manera de evitarme tener que poner todas las apps de nuevo cuando haces un factory reset.
1> He hecho 2 backups, como dice nuestro comandante richi uno de toda la rom "por si las moscas" y el segundo solo de la carpeta data.
2> El factory reset, y en mi caso también la carpeta data y system.
3> Flashsear la rom, en mi caso la misma pero mas nueva, después prender el móvil y volver al recovery.
4> Wipes normales y restaurar el backup del data, fix permission y reiniciar.
Y ya esta, tenemos todas las apps que teníamos antes en un momento.