Lo primero, decirte que no vas a estropear el teléfono.
Por cualquier motivo el que se ha desconfigurado ha sido el PC.
Si vas a "administrador de dispositivos" del PC, estando conectado el teléfono, verás como hay algúna entrada con error.
En mi caso, si algo de esto falla, me voy a un portátil teniendo la restauración habilitada. Así salgo de dudas.
Has probado los PDAnet? (drivers modificados para Samsung) Hasta que no sea reconocido el Nexus por el PC, no podemos continuar con nada más.