Una vez has modificado el script de instalación, da igual donde la pongas en el almacenamiento interno. Debería instalarse correctamente. ¿Has intentado instalarla de nuevo? ¿Te borra todos los datos de la ROM principal incluso usando el RAM disk editado por mí? Eso no creo, es imposible a menos que el script de instalación esté mal editado, claro. ¿Has abierto el script editado desde dentro del ZIP para comprobar que está correctamente editado?
No se me ocurren muchas alternativas más, la verdad...